fbxをunityにインポートすると以下のようになってしまう現象に遭遇した。
理由はよくわからないが解決はできた。
blenderを開いて、ctrl+Aを押し、トランスフォームの適用を行う。
これで正しい位置になるはず。
++追記
エクスポートするときに、トランスフォーム適用、の項目があるのでこれにチェックを入れれば早い。
++追記2
このあと、unityにインポートすると足首だけずれる、という問題が起きた。アームチュアのトランスフォームを適用したら直った。(治る前にエクスポート時にトランスフォーム適用をしたのだが効果がなかった)