Atom ファイルを複数開くとき、別ウィンドウで開いてしまう場合

＋＋ファイル＝＞個人設定

alwaysOpenInSameWindowをtrueに設定する

＋＋そのファイルのあるプロジェクトウィンドウを追加する

同一プロジェクト内にあるファイルなら同一ウィンドウで開くようになる。（前は別プロジェクトであっても同一ウィンドウで開いてくれたはずなのだが・・・）